Trường hợp 1: Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ (không phát sinh số thuế GTGT phải nộp) thì người nộp thuế không phải nộp bổ sung số thuế sau khi kê khai bổ sung, điều chỉnh; không tính phạt nộp chậm tiền thuế GTGT. Số thuế GTGT không được khấu trừ của kỳ kê khai bổ sung, điều chỉnh, người nộp thuế kê khai vào chỉ tiêu – Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh.

Ví dụ 1:

Công ty E vào tháng 8/2011 lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh của hồ sơ khai thuế GTGT tháng 1/2011 làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ từ 200 triệu đồng xuống còn 100 triệu đồng (giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 100 triệu đồng) thì người nộp thuế không phải nộp số thuế GTGT 100 triệu đồng và không phải tính phạt chậm nộp, mà điều chỉnh giảm số thuế GTGT không được khấu trừ của tháng 1/2011 vào tờ khai thuế GTGT của tháng 8/2011, tháng lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh (kê khai điều chỉnh vào chỉ tiêu - Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước).

Hồ sơ Công ty E nộp cho cơ quan thuế:

- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 100 triệu đồng của kỳ kê khai thuế GTGT tháng 1/2011;

- Tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 100 triệu đồng

- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có).

Trường hợp 2:  Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh chỉ làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ, số thuế GTGT còn được khấu trừ đã được người nộp thuế dừng khấu trừ, đã lập hồ sơ xin hoàn thuế GTGT và cơ quan thuế đã có quyết định hoàn thuế GTGT, thì người nộp thuế căn cứ vào hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh để nộp số tiền thuế đã được hoàn đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp, số ngày chậm nộp (thời hạn tính phạt chậm nộp được tính từ ngày cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế đến ngày doanh nghiệp nộp lại số tiền thuế đã hoàn) theo quy định tại Điều 106 Luật Quản lý thuế.

Ví dụ 2:

Công ty F trên tờ khai tháng 3/2011 có đề nghị dừng khấu trừ số thuế GTGT lũy kế âm 3 tháng liên tục (từ tháng 1/2011 đến tháng 3/2011) là 500 triệu để lập hồ sơ hoàn thuế GTGT và được cơ quan thuế có quyết định hoàn thuế GTGT là 500 triệu. Tháng 8/2011 Công ty F lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh của hồ sơ khai thuế GTGT tháng 1/2011 làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau là 200 triệu thì Công ty F phải nộp lại số tiền thuế đã hoàn 200 triệu đồng và tính phạt nộp chậm tiền thuế theo quy định tại Điều 106 Luật Quản lý thuế.

Hồ sơ Công ty F nộp cho cơ quan thuế:

- Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau là 200 triệu của kỳ kê khai thuế GTGT điều chỉnh tháng 1/2011;

- Tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau là 200 triệu đồng;

- Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có).

Trường hợp 3: Người nộp thuế lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ, đồng thời làm tăng số thuế GTGT phải nộp thì đối với số thuế điều chỉnh tăng, người nộp thuế nộp số tiền thuế tăng thêm đồng thời tự xác định số tiền phạt chậm nộp căn cứ vào số tiền thuế chậm nộp, số ngày chậm nộp và mức xử phạt theo quy định; đối với số thuế GTGT được khấu trừ  bị điều chỉnh giảm người nộp thuế không phải nộp bổ sung số thuế sau khi kê khai bổ sung, điều chỉnh, không tính phạt nộp chậm tiền thuế GTGT. Số thuế GTGT không được khấu trừ, người nộp thuế điều chỉnh vào chỉ tiêu – Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước trên tờ khai thuế GTGT của kỳ lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh

Ví dụ 3:

Công ty G  vào tháng 8/2011 lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh của hồ sơ khai thuế GTGT tháng 1/2011 làm giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ 200 triệu đồng chuyển kỳ sau, đồng thời làm phát sinh số thuế GTGT phải nộp tăng 100 triệu đồng (tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 có số thuế GTGT chưa được khấu trừ chuyển sang kỳ sau 200 triệu, nay điều chỉnh giảm số thuế GTGT không được khấu trừ là 300 triệu, dẫn tới tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 phát sinh số thuế GTGT phải nộp là 100 triệu) thì đối với số thuế GTGT phải nộp tăng thêm 100 triệu, người nộp thuế phải nộp thuế, tính phạt nộp chậm; đối với số thuế GTGT 200 triệu đồng không được khấu trừ được điều chỉnh vào tờ khai thuế GTGT của tháng 8/2011 - tháng lập hồ sơ kê khai bổ sung điều chỉnh (kê khai điều chỉnh vào chỉ tiêu - Điều chỉnh tăng thuế GTGT của các kỳ trước).

Hồ sơ Công ty G nộp cho cơ quan thuế:

- Đối với việc điều chỉnh làm tăng số thuế GTGT phải nộp của tháng 1/2011 là 100 triệu đồng: Tại thời điểm phát hiện ra sai lệch, Công ty G thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh để nộp thuế 100 triệu đồng và tính phạt nộp chậm. Hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh nộp cho cơ quan thuế gồm:

+Bản giải trình bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS của kỳ kê khai thuế GTGT điều chỉnh tháng 1/2011;

+ Tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 đã điều chỉnh tăng số thuế GTGT phải nộp 100 triệu đồng;

+ Tài liệu kèm theo giải thích số liệu trong Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (nếu có).

- Đối với việc điều chỉnh làm giảm số thuế GTGT khấu trừ của tháng 1/2011 là 200 triệu đồng: Công ty G thực hiện điều chỉnh vào tờ khai thuế GTGT của tháng 8/2011. Hồ sơ kê khai thuế GTGT tháng 8/2011, Công ty G nộp cho cơ quan thuế có kèm theo bản sao: Bản giải trình bổ sung, điều chỉnh mẫu 01/KHBS của kỳ kê khai thuế GTGT điều chỉnh tháng 1/2011 và Tờ khai thuế GTGT tháng 1/2011 đã điều chỉnh đã nộp trước đây.

Trường hợp 4: Người nộp thuế sau khi nộp hồ sơ thuế GTGT cho cơ quan thuế, phát hiện sai sót cần kê khai bổ sung điều chỉnh nhưng không làm tăng, giảm số thuế GTGT phải nộp (sai sót về doanh thu hàng hóa, dịch vụ bán ra, mua vào v.v…), thì người nộp thuế có văn bản giải trình kèm theo tờ khai thuế GTGT mới thay thế, không lập hồ sơ kê khai bổ sung, điều chỉnh mẫu số 01/KHBS.

Cơ quan thuế căn cứ văn bản giải trình, điều chỉnh lại số liệu tờ khai người nộp thuế kê khai bổ sung, điều chỉnh theo số liệu tờ khai mới.